İlk başta mSQL ile tablolarına kendi hızlı yordamları (ISAM) ile bağlanmak için işe girişmişler.
mSQL'in yeterince hızlı ve esnek olmadığı sonucuna varınca, mSQL ile aynı programlama arayüzüne (API) sahip yeni bir SQL arayüzü yazmışlar. mSQL API'sinin seçilmesinin nedeni piyasadaki kodların kolaylıkla kendi veritabanlarına aktarılabilmesi.
"My"SQL isminin nereden geldiği tam olarak bilinmiyor. MySQL'den önce de ekip kendi yazdıkları araçlara "my" takısını ekliyordu. Öte yandan MySQL'in yaratıcısı Michael "Monty" Widenius'un kızının adı da My.
MySQL'in sembolü olan yunusun adı 'Sakila'. İsim, dünya çapında yapılan 'Yunusa isim verin' yarışmasının sonucunda, gelen birçok önerinin arasından yazılımın geliştiricileri tarafından seçildi. Sakila, Afrika'da Swaziland'de konuşulan yerel dilden alınma bir kelime.